Исследователи используют ИИ для разработки белков, расщепляющих другие белки
Белок представляет собой цепочку аминокислот, соединённых так называемыми пептидными связями. Сами по себе эти связи чрезвычайно стабильны: считается, что их период полураспада составляет несколько сотен лет. Но в окружающей среде Земли большинство белков не сохраняется так долго. Дело в том, что организмы эволюционировали, выработав несколько способов катализировать расщепление пептидных связей, которые со временем разнообразились в бесчисленное множество специализированных ферментов, расщепляющих белки. Протеазы встречаются повсюду и обычно быстро расправляются с любыми белками, попадающими в окружающую среду.
Теперь исследователи фактически ускорили процесс диверсификации, воспользовавшись инструментами проектирования белков на основе ИИ: они взяли каталитическое ядро двух типов протеаз и заменили всю остальную часть белка. Получившиеся ферменты можно было настроить так, чтобы они разрезали пополам определённые белки, и исследователи продемонстрировали их эффективность, использовав их для расщепления белков, связанных с неврологическими заболеваниями.
Расщепление белков
Базовая пептидная связь выглядит не слишком примечательно: она образуется при соединении аминогруппы с кислотой, в процессе чего высвобождается молекула воды. Как следует из их названия, аминокислоты содержат и аминогруппу, и кислотную группу, что позволяет им формировать пептидные связи с двух сторон аминокислоты. Это крайне важно для построения длинных цепей, из которых состоят белки. (У аминокислот также есть боковые цепи с уникальными химическими свойствами, благодаря которым белковый каркас приобретает определённые характеристики.)
Переведено автоматически с английского. Оригинал статьи — по ссылке ниже.